继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
凯尔·钱德勒 亚伦·皮埃尔 内森·菲利安 凯莉·麦克唐纳 杰森·雷特 加瑞特·迪拉胡特 妮可·阿丽·帕克 普娜·贾甘纳坦 乌尔里奇·汤姆森 J·阿方斯·尼科尔森 谢尔曼·奥古斯图斯 迈克尔·奥坎波 卡里·克里斯托弗 汉娜·克莉丝汀·谢特勒 谢伊·普里查德
汤姆·希德勒斯顿 卢巴纳·阿兹巴尔 米哈伊尔·巴斯马吉安 马克西姆·杜兰德 玛德琳·沃克 伯纳德·萨塔里亚诺 达里乌斯·阿里亚 史蒂文·塔克 萨里塔·罗宾逊 凯蒂·巴雷特
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